基因组所开发LncRNAWiki数据库加入国际RNA数据库同盟(RNAcentral)
近期,由基因组所开发的长非编码RNA研究领域特色数据库LncRNAWiki被国际RNA数据库同盟(RNAcentral)收录。近些年长非编码RNA成为国际研究的新热门,与人类癌症、神经系统等疾病爆发亲近相关,在疾病诊疗方面体现出了潜在的重大应用价值。长非编码RNA的数目与种类均快速地增添,大宗相关研究一直富厚着我们对长非编码RNA功效与作用机制的熟悉。与此同时,长非编码RNA相关的数据库也在一直增添。2014年,基因组所生命与康健大数据中心章张研究员向导的科研团队接纳Wiki手艺开发了基于群体审编(Community Curation)的人类长非编码RNA知识库LncRNAWiki,该知识库作为一个信息富厚的人类长非编码RNA知识库受到了国际RNA同盟(RNAcentral)的关注,相关研究职员也将应邀加入由其举行的年度同盟聚会。
LncRNAWiki整合了来自于Gencode、LNCipedia、NONCODE、lncRNAdb的十万多条人类长非编码RNA序列及信息,并凭证基因组位置对长非编码RNA举行分类。使用Wiki系统的优势,建设多人协同注释的结构与模式,凭证加入职员的编辑数目与质量,对加入职员的孝顺举行量化打分,且凭证分值巨细给予作者身份,以此增进长非编码RNA研究领域科研职员配合完善LncRNAWiki的相关信息和数据更新。相关效果于2014年11月在国际生物信息学领域期刊《Nucleic Acids Research》在线揭晓后,该研究团队继续重点网络了有文献报道的人类长非编码RNA,并举行了人工编辑与注释。现在LncRNAWiki共收录719个文献报道的人类长非编码RNA,其中290个与癌症等疾病相关,同时还开发了响应的算法对长非编码RNA编码的小卵白或短肽举行展望,共获得九千多个潜在的由长非编码RNA编码的小卵白或短肽。
LncRNAWiki的后续事情仍将重点剖析已知的人类长非编码RNA,确保有功效报道的人类长非编码RNA的实时网络与注释;谑笛橹ぞ萆钊胙芯坑肫饰龀し潜嗦RNA的功效与作用机制,同时对长非编码RNA的序列特征举行深度挖掘及注释。随着该项事情的一直深入与完善,将对科研职员越发周全的研究和掌握疾病爆发生长的机制机理打下坚实基础。
数据库链接:http://lncrna.big.ac.cn
RNAcentral链接:http://rnacentral.org/






