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基因组所三代单分子测序PacBio完成手艺升级—超长读长助力基因组学研究

  克日,基因组所所级中心基因组平台三代单分子实时测序PacBio完成手艺升级优化,实现了数据产量和读长的双重提升,一个SMRT Cell芯片可产出高达1Gb数据, reads平均长度抵达14kb,N50凌驾19kb,为基因组学相关研究提供了有力支持。

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  PacBio 测序readsubread长度漫衍 

  使用三代单分子实时测序仪PacBio系统,平台提供的手艺支持效劳包括:

  1.基因组de novo测序组装 

  PacBio测序read超长的特点,适合于基因组de novo组装。例如一个5Mb巨细的细菌基因组,只需一个SMRT Cell测序即可完成基因组finish,周期小于5天。关于重大基因组,预期Contig N50凌驾100kb,推荐de novo组装需50ⅹ以上的PacBio测序笼罩,二代测序数据和PacBio测序数据混淆组装,推荐30ⅹ以上的PacBio测序笼罩,如用于基因组scaffold构建,推荐10ⅹ以上的PacBio测序笼罩。 

  2.全长转录本测序 

  受古板测序手艺短读长的限制,较难获得全长转录本序列。在PacBio测序平台上,我们开发了全长cDNA测序和剖析手艺流程。PacBio测序爆发的read长度远大于绝大部分cDNA长度,因此无需经事后续序列拼接组装,即可获得准确全长cDNA序列,剖析基因转录后可变剪切信息以及LncRNA表达等。 

  3.碱基修饰检测 

  PacBio测序另一个优势是可获得DNA聚合酶促反应的分子动力学数据,剖析碱基修饰信息。由于碱基基团修饰后的位阻作用,DNA聚合酶在带有修饰碱基的核苷酸位置前后,体现出延滞效应,经盘算剖析获得IPD ratio差别,差别修饰的IPD ratio值差别,从而获取碱基修饰信息。现在测序较量准确的修饰类型是m6A,另外5mC5hmC4mC等修饰信息也可获得,但需要特殊的样品处置惩罚或数据处置惩罚。 

  别的,基于PacBio系统,平台还提供基因组BAC克隆混淆测序、长扩增子测序、极端GC含量DNA测序等手艺开发效劳。 

 

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